Ma Thèse en 180 secondes

L’édition 2022 de “Ma Thèse en 180 secondes” va démarrer le mois prochain avec les sélections ULB le 31 mars. J’ai eu le plaisir de participer à l’édition 2021 (quelque peu perturbée par le COVID, mais c’était chouette quand même!). Je me rends compte que j’avais prévu de mettre la vidéo et mon texte ici et que j’ai complètement oubliée de le faire, donc avec à peu près un an de retard, les voici !

Je ne peux que conseiller l’exercice aux doctorant.e.s qui approchent de leur fin de thèse: synthétiser et vulgariser, ça pousse à se poser des bonnes questions sur les objectifs réels de ce qu’on est en train de faire.

Le “Live”

“Facebook Live” de l’événement: https://www.facebook.com/watch/live/?v=1071437936709269&ref=watch_permalink

Timecodes des participant.e.s:

16:07 – Introduction (Quentin Delhaye)
24:45 – Sébastien Lamproye – Le progrès technique et le partage du gâteau
28:25 – Léni Jodaitis – La bactérie : une boite de nuit très select
32:00 – Ruth Ringer – C’est quoi cette image ?
35:45 – Alexandre Popotas – La pneumonie vient de Mars, l’asthme de Vénus
39:15 – Adrien Foucart – Intelligence artificielle et histologie : un ingénieur au pays des médecins
42:55 – Intermède musical : Dolores – Kearo Zenn Quartet
47:05 – Cyrine Ben Dhaou – Trinquons à la chémérine contre le cancer
50:53 – Delphine Laho – Mise au point d’un test de diagnostic moléculaire rapide de l’otite moyenne aigüe chez l’enfant.
54:42 – Benjamin Swedlund – Choisir c’est renoncer : quand les cellules souches pluripotentes font le choix du coeur
58:25 – Valentin Fortier – Le Méthane sur Mars : d’où ça vient ?
1:02:10 – Charlotte Minsart – Implication de la protéine HMGB1 dans l’overdose au paracétamol
1:07:00 – Cyrine Ben Dhaou – Trinquons à la chémérine contre le cancer (deuxième présentation, suite à un problème technique)
1:13:00 – Intermède musical / Délibération : Joel Rabesolo / Aleph Quintet Music / Kearo Zenn Quartet / Isadora / Jean-Paul Groove
1:54:00 – Résultats du jury & du vote du public (Serge Schiffmann)

Mon texte

Ma thèse se trouve à cheval entre deux mondes : l’intelligence artificielle, dans le monde des ingénieurs, et l’histologie, dans le monde des médecins.

L’intelligence artificielle, on la retrouve partout. Prenez votre smartphone, par exemple. Si vous ouvrez l’appareil photo, un algorithme va détecter les visages et les entourer d’un petit rectangle. Pour créer un tel algorithme, on utilise des millions de photos, sur lesquelles on a noté où se trouvait chaque visage. Plus on a d’images différentes (de face, de profil, de loin, de près…), mieux l’algorithme sera capable de détecter les visages en toute circonstance.

Noter où se trouve un visage sur une photo, c’est facile, tout le monde peut le faire. Mais en histologie, dans le monde des médecins, les choses sont plus compliquées.

L’histologie, c’est ce qui se passe par exemple quand on prélève un morceau de tumeur durant une biopsie ou une opération. On le fixe ensuite dans un bloc de paraffine, qu’on coupe en fines tranches. On ajoute un peu de couleurs, et puis on peut venir regarder au microscope pour estimer la gravité du cancer et prendre les meilleures décisions pour le patient : faut-il opérer plus, faire une chimio, faire des rayons ?

Est-ce que vous pouvez dire quel type de cancer se trouve sur cette image ? Probablement pas. Les cellules cancéreuses ne portent pas de pancarte indiquant leur niveau de gravité. Les indicateurs sur lesquels se basent les médecins sont souvent subjectifs, et le désaccord entre experts est courant.

Produire et annoter les images histologiques prend du matériel spécialisé, des personnes expérimentées, et beaucoup de temps. On doit donc travailler sur des bases de données réduites, où les annotations sont incertaines, voire contradictoires d’un expert à l’autre.

Pour appliquer les techniques d’intelligence artificielle au monde de l’histologie, nous avons donc développé des méthodes qui permettent à nos algorithmes d’apprendre malgré les données imparfaites, et à donner des résultats utiles pour la recherche et le diagnostic.

Il faut aussi se poser la question de comment on peut évaluer nos résultats. Si je teste un algorithme qui détecte des visages, je peux prendre une série de photos et compter le nombre d’erreurs. Mais qu’est-ce qu’une « erreur » lorsque même les meilleurs experts ont des avis différents ? Là aussi, nous avons dû développer des méthodes qui tiennent compte de cette incertitude, et qui nous permettent de mieux évaluer si un algorithme est plus intéressant qu’un autre.

La rencontre du monde de l’ingénieur et du monde de la médecine apporte beaucoup des deux côtés. Le développement de nouvelles méthodes et de nouveaux algorithmes pour les uns ; la possibilité de faciliter le travail des médecins, et d’améliorer la qualité des soins proposés aux patients pour les autres.

Venant du côté des ingénieurs, c’est une rencontre qui n’est pas toujours facile. Le monde médical est compliqué, et réussir à s’adapter à cette complexité est toute la difficulté, et aussi pour moi tout l’intérêt, de ma thèse.